La fertilidad del valle formado por el río y sus numerosos afluentes supuso que surgieran importantes núcleos de población, incluso desde época anterior a la colonización romana, de los que tenemos abundantes noticias.  Tradicionalmente se le ha querido hacer coincidir con la antigua Antraca o Autraca, población bacea citada por Ptolomeo. No obstante hasta la repoblación que se llevó a  cabo en el siglo IX en esta zona, una vez que se invirtió la tendencia conquistadora musulmana, no parece que se pueda hablar de la existencia de Torquemada. La primera noticia cierta que poseemos se basa en la pervivencia de unos restos románicos en la Ermita de Santa Cruz. Este edificio aunque se reconstruyó en buena medida en el siglo XVIII mantiene parte de su estructura románica, que se puede datar en el último cuarto del s. XII. Según esto al menos desde esa fecha había un asentamiento estable. 

Posteriormente la importancia de la villa creció al convertirse en paso obligado en el camino que unía Burgos con Palencia y Valladolid, pues en este lugar era dónde se atravesaba el río Pisuerga. La construcción de un puente del s.XV, suponía la eliminación de los peligros que conllevaba cruzar el río – caudaloso en este tramo de su recorrido - mediante barcas. 

Lugar frecuentado en diferentes momentos por la monarquía, con la invasión francesa la actuación de Torquemada alcanzó el grado de heroicidad. El 6 de junio de 1808 el general Lasalle llegaba a la población procedente de Burgos. Iba al frente de cuatro batallones de infantería y una importante fuerza de caballería camino de Valladolid. Al anochecer los vecinos cortaron con barricadas el puente sobre el Pisuerga a la vez que utilizando la Iglesia de Santa Eulalia como Alcazar, se aprestaron a repeler al invasor. El entusiasmo de la población no pudo con el imponente ejército francés que consiguió entrar en el pueblo tomando represalias desmedidas, matando e incendiando edificios, incluida la Iglesia. 

Como consecuencia de estos acontecimientos los vecinos huyeron a poblaciones próximas. A su regreso el panorama que presentaba la villa era desolador. Mediando el s. XIX la villa se había recobrado totalmente. 

 Fray Juan y Fray Tomás de Torquemada             

Torquemada es un escenario de historia y cuna de figuras tan insignes como el Cardenal Fray Juan de Torquemada y su sobrino Fray Tomás de Torquemada, primer Inquisidor General de Castilla y Aragón en 1.483, famoso por su implacable administración de la Inquisición.

En ambos casos hay hechos que introducen la conexión con Torquemada, a título de ejemplo. sirva una carta firmada por fray Tomás  que se conservaba en el Archivo Parroquial hasta finales del siglo pasado en la que respondía a una en la que los vecinos se dirigían al inquisidor solicitando dinero para la construcción de la Iglesia.

Es también casa solariega del poeta José Zorrilla y de la Reina Doña Juana “la Loca”

Torquemada fue visitada en repetidas veces por el Emperador Carlos V: el 28 de febrero de 1.520 antes de ser elegido emperador, el 25 de agosto de 1.522, julio de 1.524, mayo de 1.527, 1.542...incluso en su último viaje, camino a su retiro en Yuste, dónde moriría.